U HSLS-u optužuju Granića da želi promijeniti već postignuti dogovor da HSLS predvodi 7, a DC 3 izborne jediniceDvije najlogičnije i najozbiljnije predizborne koalicije, one između Demokratskog centra Mate Granića i Hrvatske socijalno liberalne stranke Dražena Budiše, te Socijaldemokratske partije Ivice Račana i Istarskog demokratskog sabora Ivana Jakovčića, zapale su, neposredno uoči službenog sklapanja, u dramatične probleme. U HSLS-u optužuju Granića da želi promijeniti već postignuti dogovor da HSLS predvodi 7, a DC 3 izborne jedinice. Na to, upozoravaju liberali, Budiša nipošto ne može pristati. Račan je pak u zadnji čas odgodio koalicijski sporazum SDP-a i IDS-a, koji je trebalo potpisati u subotu 30. kolovoza na Učki. Premda se u IDS-u tješe da je problem u usklađivanju slobodnih termina, kod Račana nema slučajnosti: odgodio je službeno objavljivanje koalicijskog dogovora zbog optužbi koje su posljednjih tjedana iznesene na Jakovčićev račun. Račan je pod pritiskom dijela javnosti i istarskih socijaldemokrata odlučio pričekati s potpisivanjem sporazuma dok se napadi na IDS ne smire i dok pravosudna tijela ne potvrde da Jakovčić nije kršio zakone.

Dok afera Jakovčić trese koaliciju SDP-a i IDS-a, Budiša Graniću dao ultimatumZbog zahtjeva da na čelu liste u IV. izbornoj jedinici bude član DC-a, a ne HSLS-a, Budiša je Graniću postavio ultimatum: do subote 6. rujna mora odgovoriti pristaje li na omjer 7:3 koji je već bio dogovoren. Ako ne pristane, od koalicije, tvrde u HSLS-u, neće biti ništa.

Premda se Budiša i Granić iskreno zalažu za zajednički izborni nastup, njihov je dogovor doveden u pitanje zbog ambicija stranačkih ogranaka i njihovih prvaka. Iako je koaliranje u strateškom interesu obiju stranaka, dio utjecajnih političara HSLS-a i DC-a protivi se dogovoru bojeći se da će ih s izbornih lista istisnuti političari druge stranke. Glavni je problem u tome što na ulazak u Sabor mogu računati samo nositelji lista i eventualno drugi na listama, dok su šanse trećih i četvrtih minimalne.
Glavni kamen smutnje je IV. izborna jedinica. HSLS ne želi pristati da Miroslav Šimić ili Nada Arbanas iz DC-a predvodi zajedničku listu u Osijeku jer bi to značilo da se HSLS odrekao cijele Slavonije. U HSLS-u pristaju da Vesna Škare-Ožbolt bude na čelu liste u Vukovaru, ali traže da njihov čovjek predvodi listu u Osijeku. Granić pak upozorava da je DC prepustio HSLS-u vodstvo na listama od Istre do Dalmacije te da je red da i HSLS napravi ustupak. Uvjerava da su Šimić i Nada Arbanas iznimno popularni u Slavoniji i da će osigurati siguran uspjeh zajedničke liste, pogotovu stoga što HSLS nema ni približno snažnog protukandidata.

Postignuta je suglasnost da Granić predvodi zajedničku listu u Zagrebu, Đurđa Adlešić iz HSLS-a u II. izbornoj jedinici u Bjelovaru, Ivan Čehok iz HSLS-a u III. u Varaždinu, a u IV. izbornoj jedinici Granić traži da listu predvode Šimić i Nada Arbanas. Usuglašeno je da Vesna Škare-Ožbolt predvodi listu u V. izbornoj jedinici u Vukovaru, Dorica Nikolić iz HSLS-a u VI. u Sisku, Pavao Miljavac iz DC-a u VII. u Sisku, Željko Glavan iz HSLS-a u VIII. u Rijeci, Joško Kontić iz HSLS-a u IX. te Budiša u X. u Splitu, gdje će na drugom mjestu biti DC-ova uzdanica Doris Košta.

U obje stranke uvjereni su da će HSLS i DC zajedno osvojiti najmanje 15 zastupničkih mjesta te da će, nakon HDZ-a i SDP-a, biti treća politička snaga u državi. U tom ih uvjerenju učvršćuju i najnovija istraživanja javnog mijenja koja potvrđuju da će HSLS i DC, ako na izbore izađu zajedno, osvojiti dvostruko više glasova nego da iziđu samostalno. U HSLS-u i DC-u uvjereni su da će postati presudan politički čimbenik koji će utjecati na razvoj političkih prilika u Hrvatskoj. Stoga obje stranke teže prevladavanju problema: HSLS je spreman na ustupke na drugim i trećim mjestima na listama, dok DC izlaz vidi u odgovoru o zajedničkom nastupu u osam izbornih jedinica, a u dvije, u Osijeku i Istri, predlaže da svaka stranka samostalno iziđe na izbore. Do 6. rujna, za kad je sazvana sjednica Velikog vijeća HSLS-a, Budiša i Granić pokušat će uvjeriti nezadovoljnike u svojima strankama naustupke.

U SDP-u i IDS-u također su odlučni da na izbore iziđu zajednički. Nakon medijskih napada na Jakovčića pregovori su upali u probleme, djelomice i stoga što se dogovoru SDP-a i IDS-a ispriječilo pitanje tko će biti deveti na listi u Rijeci jer prevladava uvjerenje da će sa zajedničke liste IDS-a i SDP-a u VIII. izbornoj jedinici u Sabor ući čak devet kandidata.

Ali veći je problem tko će predvoditi listu SDP-IDS. Sve je više onih koji misle da je najbolje da listu u VIII. izbornoj jedinici predvodi Damir Kajin a ne Jakovčić. No vrlo je neugodno ako na čelu liste ne bude predsjednik IDS-a. A Jakovčić je sam kriv što je napravio nekoliko gafova koji su uzdrmali njegovu poziciju u Istri. Zatražio je da vlasnik i direktor Glasa Istre odstupi s funkcije, čime je prekoračio svoje ovlasti i izazvao burno negodovanje javnosti. Jakovčić je priznao da je bespravno sagradio vinski podrum, što je dodatno iziritiralo Istrane. Osim toga samodopadno mijenja frizure i vanjski izgled, sada pušta dugu kosu, rado putuje svijetom po atraktivnim destinacijama, voli izlaziti na šminkerska mjesta, ponekad se ponašati prepotentno, pa u dijelu javnosti sve više ostavlja dojam bonvivana, a manje ozbiljnog političara. Rezultat su neugodni zvižduci gledatelja na teniskom turniru u Umagu. IDS i Jakovčić plaćaju cijenu 13-godišnje vladavine u Istri: na njihov račun, uz pozitivne rezultate, idu i svi promašaji i pogreške. A njih nije malo. No Račan nije pogriješio kad se odlučio na koaliciju s IDS-om: njegovi su rezultati u Istri takvi da jamče uvjerljivu zajedničku pobjedu SDP-a i IDS-a u VIII. izbornoj jedinici.

Većina stranačkih lidera unaprijed je digla ruke od koalicijskih sporazuma svjesna da to može ozbiljno ugroziti unutarstranačku stabilnost i poremetiti odnose u strankama. No Budiša i Granić, te Račan i Jakovčić nisu pogriješili odlučivši se za zajedničke izborne liste. Unatoč svim problemima s kojima su se susreli tijekom pregovora, izborni rezultati tih dviju koalicija bit će kudikamo bolji nego da su te stranke izišle na izbore samostalno. Stoga će i eventualne štete i nezadovoljstva biti manje od koristi.