Kazneni progon Josipa Boljkovca posljednji je u nizu slučajeva na kojima se reflektira duboki raskol Mladena Bajića, šefa Državnoga odvjetništva, i Tomislava Karamarka, ministra unutarnjih poslova. Dok Karamarko inzistira na Boljkovčevu procesuiranju, Bajić smatra da MUP-ovi istražitelji nisu prikupili ni približno točne, a kamoli dovoljno brojne dokaze za optužnicu protiv 90-godišnjeg Josipa Boljkovca. Na nekima od njihovih sastanaka Karamarko je pokazao spremnost za kompromis, ponudivši kaznenu varijantu zapovjedne odgovornosti. No ustroj tadašnje obavještajno-policijske vlasti na području Karlovca, gdje je Boljkovac 1945. bio angažiran, prema procjeni DORH-a, isključuje čak i takvu mogućnost. Jer egzekucije i mučenja u Dubovcu, koji bi se Boljkovcu trebali staviti na dušu, ulazili su u djelokrug okružne OZNA-e. Boljkovac je, naprotiv, bio pripadnik njene kotarske organizacije.

Sukob je toliko dramatičan i ujedno ideološki zarazan da su se oko jedne i druge strane već stvorili saveznici. Tako Karamarku asistira Ivan Zvonimir Čičak, predsjednik HHO-a. Osim Ante Nobila, Boljkovčeva odvjetnika, na Bajićevoj strani našao se i Slavko Goldstein, koji je kao dječak bio uključen u partizanski pokret na karlovačkom području. Već je napisao izjavu o rasporedu okružnih i kotarskih ovlasti, kako neslužbeno doznaje Nacional.

Kako pak Nacionalu dojavljuju iz kazneno-istražnih kuloara, svađa dvojice najmoćnijih lovaca na domaća ratna i mirnodopska zlodjela još nije licem u lice. No izmijenjene su poruke preko posrednika. Karamarko se potrudio da Bajić sazna kako će, unatoč svemu, protiv Boljkovca podnijeti kaznenu prijavu. Tako će hrvatska javnost doznati tko je za kažnjavanje komunističkih zločina: za kažnjavanje se zalaže Karamarko, dijete ustaše, dok otpor dolazi od Bajića, djeteta dalmatinskoga partizana.
U Bajićevu uredu vjeruju da je Karamarkova ideja prigodna i kratkoročna, da HDZ-u služi kao mamac desnom biračkom tijelu, dok MUP-ovci strahuju od promjene vlasti i nužnih otpuštanja prekobrojne MUP-ove birokracije i izmišljene operative - stoga im je dobrodošla svaka vrsta uspješne kampanje za Karamarkovo održanje na poziciji.

Još prije dvije godine DORH bi prihvatio nalog MUP-a, bez obzira na njegov uspjeh pred sudskim vijećima. No puno se stvari dogodilo zbog kojih se Bajić sve više distancirao od Karamarka: od previše kazneno-istražnih promašaja, za koje je DORH morao preuzeti odgovornost pred EU tijekom razgovora o Poglavlju 23, do nedavna Karamarkova stranačkog deklariranja. Usput se pojavilo pitanje koja od dviju strana servisira medije informacijama iz načelno tajnih istraga te tko je zaslužan za uhićenje Ive Sanadera i drugih u antikorupcijskim akcijama. Ipak, promjena Zakona o kaznenom postupku, najsnažniji je faktor razlaza naoko nerazdruživa para Bajić-Karamarko. Prema ocjenama pravnih eksperata, prirodno je da se policijski kriminalisti pod MUP-ovom kontrolom teško mire s time da su postali puki izvršitelji DORH-a i USKOK-a, kao što je HDZ-ovoj vladi mučno prihvatiti zakonske okvire koji joj iz ruku otimaju dio represivnog aparata.
Početni signali sukoba potječu iz 2009., podalje od njihovih zagrebačkih središta.

Riječ je o Splitu, gdje je otkriven poslovni običaj Skladgradnje i državnog Brodosplita da se državni novac odlijeva u privatne džepove braće Žužul. Uz iznimku kriminalističkog policajca Josipa Buljana, lokalna policijska uprava odbila je obavljati "istražne radnje" prema planu DORH-a, jer su se ticale HDZ-ovih štićenika na čelu splitskoga škvera. Buljan, inače bliži desnoj ideologiji, za kaznu je šutnut u tajnu pratnju, priča o poslovnoj korupciji ostala je nezavršena, ali su DORH i USKOK, navodno, izvukli fundamentalnu pouku: ako doista žele stvar raspetljati do kraja, moraju se potruditi da ministar Karamarko i njegov ravnatelj policije Oliver Grbić u tome što manje sudjeluju.
Razgovarao je Nacional o toj temi s devet relevantnih sugovornika, lijevih i desnih, HDZ-ovaca, HSP-ovaca i SDP-ovaca, aktivnih policajaca i odvjetnika. Privatni odvjetnik Anto Nobilo, češće Bajićev pravosudni neprijatelj nego prijatelj, jedini je dopustio da se pod imenom i prezimenom navede njegovo iskustvo: "Uglavnom su sve kapitalne antikorupcijske afere obavili istražitelji USKOK-a u najvećoj tajnosti, da MUP ne dozna što rade. Uključujući i mog klijenta Damira Polančeca."

Doduše, nije Bajić bez ikakva političkog zaleđa srljao u kaznene progone oko Podravke i Nobilova klijenta. Veliko je pitanje što bi bilo od svih afera oko Polančeca da inicijativa nije potekla od Miroslava Vitkovića, predsjednika uprave Podravke, HSS-ovca s ambicijom da ugrabi sve poluge vlasti u Podravini.

U svakom slučaju, nakon afere oko Podravke nastao je juriš za antikorupcijsko prvenstvo: MUP-ovi operativci našli su da je na neki način u sve to umiješan Zvonimir Mršić iz SDP-a, gradonačelnik Koprivnice, kojemu je HSS konkurirao na izborima. Kao najčvršći argument za Mršićev kriminal izbilo je koprivničko odmaralište u Pirovcu. Ali kad je policijska kaznena prijava stigla do koprivničke državne odvjetnice, podređene Mladenu Bajiću, ispalo je da nema nikakvih faktografskih osnova. Nakon što je kaznena prijava odbačena, iz MUP-a je krenula medijska kampanja protiv njene kćeri. Četvrta točka sukoba opet je izbila u SDP-ovu lenu: Rijeka, Slavko Linić i ratno profiterstvo na koje su posljednjih godina postali osjetljivi ratni veterani, koje HDZ smatra svojim stranačkim podanicima. Na temelju anonimne kaznene prijave Linić je trebao postati predmetom progona za nestanak 830.000 DEM, koliko je 90-ih godina prikupljeno za kupnju oružja. Tim povodom u svibnju ove godine Polančec, Nobilo i SDP-ovac Slavko Linić pili su kavu na terasi zagrebačkog hotela "Dubrovnik", na najfrekventnijem mjestu u Zagrebu. Onomu tko poznaje aktere prizora bilo je savršeno jasno da je trojni sastanak upriličen tako demonstrativno da ismije MUP-ove uhode, uvijek sklone paničnoj detekciji kakve neprijateljske zavjere. I doista, iz MUP-a je u novine procurila priča o sumnjivu "tajnom sastanku", koji govori o uroti SDP-a i Polančeca, otpisanog HDZ-ovca, protiv poštenja aktualne HDZ-ove garniture na čelu s Jadrankom Kosor.

Pokazalo se, međutim, da je MUP-ova operacija izazvala seriju kontraefekata. Prvo, poslužila je za objavljivanje dokaznog meterijala u Linićevu korist. Drugo, DORH-u se pružila prilika da prvi put na svojim internetskim stranicama službeno objavi da s policijskom inicijativom nije imao nikakve veze. Mladen Bajić postao je čovjek na kojeg SDP računa ako HDZ izgubi na skorašnjim izborima. Uz njega je profitirao i još jedan Karamarkov interni protivnik, Oliver Grbić, ravnatelj policije. Prije "afere Linić" Karamarko je planirao njegovo smjenjivanje. Ali nakon afere koja je, uz ostalo, otkrila Grbićevu bliskost s Jadrankom Kosor morao se predomisliti. Uza sve zadjevice, u ovom trenutku spojeni su interesom da se korupcijska praksa Ive Sanadera drži podalje od neprocesuiranih dijelova HDZ-a.

Samo je utoliko prva optužnica protiv bivšega premijera prihvatljiva MUP-u: istragu su u cijelosti obavili DORH i USKOK, prikupivši informacije da je Sanader 1996. primio mito od Hypo banke, mimo znanja ostalih HDZ-ovaca. Njegove afere oko MOL-a, tijesno spojene s političkim odlukama cijelog HDZ-ova vrha, mogle bi eskalirati u još dramatičniji sukob Bajić-Karamarko, dakako, pod uvjetom da obojica sačuvaju sadašnje funkcije. U tome bi prijelomnu ulogu trebala odigrati priča o Josipu Boljkovcu nakon Drugoga svjetskog rata.