Haaško tužiteljstvo za skrivanje i zaštitu Ivice Rajića sumnjiči Ivana Jarnjaka i Markicu Rebića. Do 12. siječnja 2005. hrvatska Vlada mora u Haag poslati dokumente koji bi dokazali da hrvatska vlast istražuje tko je pomagao Rajiću, jer Carla Del Ponte smatra da isti ljudi pomažu i Gotovini. Premda nakon određivanja početka pregovora s EU hrvatska javnost ima dojam da je minula opasnost od pritisaka haaške tužiteljice, to nije točno. U zadnja tri mjeseca Del Ponte je nekoliko puta od visokih hrvatskih dužnosnika zahtijevala okončanje istrage o osmogodišnjem skrivanju haaškog optuženika Rajića, tvrdeći da su među njima i političko-policijski Gotovinini pomagači. Za Sanadera je posebno nepovoljno da Del Ponte i dalje ne vjeruje hrvatskoj Vladi da Gotovina nije u Hrvatskoj: “I za Rajića ste tvrdili da nije u Hrvatskoj, pa smo na kraju utvrdili da ipak jest”, prenio je visoki vladin dužnosnik prošlog vikenda Nacionalovu novinaru riječi haaške tužiteljice. U prilog tomu ona na vodi da hrvatska Vlada ni nakon godinu i pol nije istražila umiješanost najviših državnih dužnosnika u osmogodišnje Rajićevo skrivanje.

Rajića, bivšeg zapovjednika HVO-a u Kiseljaku, optužnica tereti za teške povrede Ženevskih konvencija u pokolju bošnjačkih civila u Stupnom Dolu 1993. Optužnica je podignuta 1995. a hrvatska policija uhitila ga je u Splitu 5. travnja 2003. s krivotvorenim osobnim dokumentima. Neko je vrijeme čak proveo u MORH-ovu hotelu Duilovo, iz čega su mnogi zaključili da je uživao zaštitu policijskih, vojnih i visokih političkih krugova. Zbog toga je već 14. svibnja 2003. haško tužiteljstvo od Račanove vlade zatražilo podatke o Rajićevim pomagačima, a Vlada je 8. lipnja 2003. u Haag uputila dopis u kojem haaške tužitelje izvještava da još provodi istragu. Rajić je iz Zagreba 24. lipnja 2003. prevezen u Haag i 27. lipnja izjavio da se ne osjeća krivim. Vlada je 2. listopada 2003. haaškom tužiteljstvu uputila nekolicinu dokumenata o istrazi o Rajićevim pomagačima, ali se iz njih ne vidi tko je Rajiću nabavio nekoliko lažnih osobnih iskaznica i putovnica. Rajićevo uhićenje u većini je medija prikazano kao velik uspjeh tadašnjeg ravnatelja policije Ranka Ostojića, premda upućeni ističu veliku ulogu američke obavještajne službe.

Sanaderova vlada umnogome se nastavila ponašati poput svojih prethodnika. Haaški tužitelj Kenneth R. Scott potkraj studenoga 2004. hrvatskoj je Vladi poslao strogo povjerljiv dopis u kojem traži odgovore na niz pitanja. “ICTY je nadležnim hrvatskim tijelima uputio Rajićevu optužnicu 8. prosinca 1995. Rajić bio je zaposlen u MORH-u od lipnja 1994. do lipnja 1996. Tko su dužnosnici hrvatske Vlade koji su ga štitili? Identificirajte svakog bivšeg ili sadašnjeg dužnosnika koji je sudjelovao u skrivanju osumnjičenika. Dosad nijedna osoba nije identificirana ili kazneno gonjena zbog pomoći haaškom osumnjičeniku, zašto?”, samo su neka od neugodnih pitanja na koja do 12. siječnja 2005. mora odgovoriti Jakša Muljačić, pomoćnik ministrice pravosuđa i čelni čovjek Uprave za suradnju s međunarodnim kaznenim sudovima. Premda Jutarnji list nekadašnjeg ministra pravosuđa Miroslava Šeparovića optužuje za umiješanost u skrivanje Ivice Rajića, riječ je o zlonamjermoj dezinformaciji. U navedenom tajnom dopisu haaški tužitelj Scott bivšeg ministra Šeparovića, današnjeg odvjetnika generala Markača, spominje samo jednom, i to uzgred, kad navodi datum kad je hrvatska vlast 1995. iz Haaga primila Rajićevu optužnicu. U dopisu se mnogo više ističu imena Ivana Jarnjaka i Markice Rebića. Za sadašnjeg predsjednika saborskog Odbora za unutarnju politiku i nacionalnu sigurnost haaški tužitelj pita: “Čini se da je za većinu dokumentacije koja je izdana kako bi se prikrio Rajićev identitet odgovoran tadašnji ministar unutarnjih poslova Ivan Jarnjak. Je li s Jarnjakom obavljen razgovor? Ako nije, zašto? Ako jest, molimo da prijepis razgovora.” Slična je formulacija i za bivšeg šefa SIS-a: “Markica Rebić najvjerojatnije je imao saznanja o skrivanju Ivice Rajića ili je sam u tome sudjelovao. Je li s Rebićem obavljen razgovor? Ako nije, zašto? Ako jest, molimo prijepis razgovora.”

Umjesto da obavi te razgovore, Vlada se upustila se u zamagljivanje. MUP je početkom prosinca dobio nalog da istraži nestanak Rajićeve optužnice iz zgrade Ministarstva pravosuđa, kamo je pristigla 8. prosinca 1995., kad je ministar bio Šeparović. Iz Haaga je lani pristigla indicija da optužnica više nije u zgradi Ministarstva, pa je prije mjesec dana višečlana MUP-ova istražiteljska skupina trebala pronaći optužnicu ili ustvrditi tko ju je otuđio. Ministrica pravosuđa Vesnom Škare-Ožbolt rekla je da o nestanku optužnice ne zna ništa, a MUP-ovi istražitelji još pretražuju golemu arhivu ministarstva. A Šeparović je rasvijetlio nestanak optužnice: ona je 1997. poslana u Ministarstvo vanjskih poslova, u kojem je tada ministar bio Mate Granić. “Kad nam iz Haaga stigne optužnica, procedura nalaže da je dostavimo nadležnom sudu, ovisno o prebivalištu osumnjičenika. Kako za Rajića nismo imali adresu, a postojale su naznake da je u susjednoj BiH, optužnicu smo poslali u Ministarstvo vanjskih poslova koje ju je trebalo dostaviti nadležnim tijelima u BiH”, rekao je Šeparović za Nacional. Dokument kojim raspolaže Nacional to i potvrđuje: Šeparovićev tadašnji pomoćnik Tomislav Penić u kolovozu 1997. poslao je Rajićevu optužnicu službenici MVP-a Dubravki Pleić-Marković, koja danas radi u Strasbourgu kao šefica Koordinacije za odnose s ICTY-jem. Ostaje nejasno zašto policijski istražitelji i dalje pretražuju zgradu i arhivu Ministarstva pravosuđa, pa neki politički poznavatelji ističu da postoji mogućnost da se traži nešto drugo, ili je pak riječ o najnovijoj teatralnoj akciji hrvatske Vlade.
Sanaderova se vlada, po mišljenju haaških krugova, ponovno upustila u otezanje s činjenicama o slučaju Rajić. A to je opasno zbog haaških indicija da isti ljudi koji su pomagali Rajiću već godinama pomažu i u skrivanju Gotovine, za kojeg Carla del Ponte tvrdi da je u Hrvatskoj.