Vladimir Šeks poprilično je uzbuđen zbog najnovije afere o ubojstvima Srba iz Osijeka 1991., za koje se tereti njegov tadašnji podčinjeni Branimir Glavaš, ispričao je Nacionalu političar koji je ovih dana razgovarao s predsjednikom Hrvatskog sabora. Iako svjedočenje anonimnog pripadnika Branimirove osječke bojne – prema svemu sudeći riječ je o policajcu Krunoslavu Fehiru – nedvosmisleno optužuje Glavaša za organiziranje ubojstava srpskih civila, ali i za bestijalnosti kao što je prisiljavanje zarobljenika da ispiju solnu kiselinu, u samo nekoliko dana stvari su se dodatno zakomplicirale. Jer čim je doznao za optužbe, Glavaš je odgovornost prebacio na Šeksa, ratnog zapovjednika Kriznog stožera za Slavoniju i Baranju. Prema zapovjednoj odgovornosti Šeks je doista bio iznad Glavaša i u slučaju sudskog procesa također bi mogao odgovarati za prikrivanje ratnih zločina.
  Branimir Glavaš jako dobro zna da HDZ ne može dopustiti takav rasplet. Nakon političke abdikacije Žužula, Hebranga, pa i Glavaša, Vladimir Šeks ostao je najvažniji stranački saveznik Ive Sanadera, ali i njegov jedini pravi zaštitnik od nezadovoljnika s desnog HDZ-ova krila. U takvim okolnostima posljednja stvar koja bi odgovarala Sanaderu je otvaranje istražnog postupka u kojem bi šef parlamenta bio svjedok, a možda čak i okrivljenik. Istog trena to bi zbog međunarodne zajednice značilo kraj Šeksove političke karijere, ali i izrazito kompromitiralo premijera.
  Treba se sjetiti i jednog događaja prije otprilike pola godine. Tada su mediji objavili kako se Haag zanima za Tomislava Merčepa zbog sumnje da su njegovi ljudi 1991. u Pakračkoj Poljani i u nekim drugim mjestima također pobili desetke Srba, ali i Hrvate koji im se nisu svidjeli. Merčep je tada reagirao vrlo slično Glavašu. Došao je u Banske dvore na sastanak članova braniteljskih udruga sa Sanaderom i pred svjedocima rekao premijeru: "Ako ja odem u Haag, ići će i Šeks jer je bio iznad mene".
  Iako se tada iz Državnog odvjetništva neformalno uvjeravalo da će hrvatsko pravosuđe prvi proces za ratne zločine prema naputcima Haaga voditi upravo protiv Tomislava Merčepa, do danas nije završen niti istražni postupak a kamoli podignuta optužnica ili zakazano suđenje.
Mladen Bajić, glavni državni odvjetnik, vrlo se slično ponaša i u sadašnjoj aferi Glavaš. Najprije zato jer još od 2001. postoji svjedočanstvo Radoslava Ratkovića, koji je potanko opisao da su ga Glavaševi ljudi odveli na strijeljanje i pogodili u lice, a spasio se skočivši u Dravu. Ratković je opisao i strijeljanje svog poznanika, a i zaštićeni je svjedok spomenuo nekoliko situacija iz kojih se vidi da je u Osijeku i okolici bilo likvidacija koje su izvršili pripadnici BOB-a.
  Čim je Feral Tribune prošli četvrtak objavio priču, zaštićeni je svjedok odvezen u Zagreb i postao je nedostupan. Problem je taj što istodobno nisu obavljeni razgovori s drugim pripadnicima BOB-a tako da sada čak i Josip Fehir, otac osobe koja je inicirala cijelu aferu, izjavljuje da je u vrijeme rata njegov sin imao samo 15,5 godina i nije uračunljiv. Bez dodatnih priznanja sudionika tih događaja i uz oslanjanje na osobu koju roditelji proglašavaju psihički labilnom, proces protiv Branimira Glavaša malo je vjerojatan. A to znači da će Vladimir Šeks ostati visoki državni dužnosnik.