Haaška tužiteljica Carla Del Ponte izjavila je u intervjuu za britanski Daily Telegraph kako ima saznanja da se haaški bjegunac general Ante Gotovina nalazi u jednom franjevačkom samostanu u Hrvatskoj. Pritom je naglasila da je o tome izvijestila i zatražila pomoć Vatikana za koji je rekla da odbija suradnju. Del Ponte je u srpnju posjetila Rim kako bi s ministrom vanjskih poslova Vatikana Giovannijem Lajolom podijelila informacije o haaškom bjeguncu, ali tvrdi da je odbio pomoć uz obrazloženje da Vatikan nije država te da stoga nema međunarodne obveze da pomogne UN-u u hvatanju ratnih zločinaca. Nakon toga je odlučila pisati papi Benediktu XVI. od kojega još nije primila nikakav odgovor. Dodala je i da je nakon njene primjedbe na izjave gospićko-senjskog biskupa Mile Bogovića kojima on osuđuje Haaški tribunal kao politički sud Vatikan ostao bez reakcije te da je jako razočarana tom šutnjom.  

U Hrvatskoj se nalazi 12 franjevačkih samostana: Na Cresu samostan sv. Frane, u Molvama samostan Uznesenja BDM, u Novom Marofu sv. Antuna Padovanskog, u Puli sv. Franje i sv. Ivana, u Sisku sv. Antuna Padovanskog, u Splitu sv. Frane, Šibeniku sv. Frane, Vinkovcima Bezgrešnog srca Marijina i sv. Antuna, na Visu sv. Jere i u Zagrebu sv. Duha.