Nakon godinu dana Sanja Martinko otišla je s mjesta članice uprave OTP banke Hrvatska, kako bi preuzela obiteljsku tvrtku koja se bavi građevinarstvom i razvojnim projektima. Od veljače 2004. kao članica Uprave bila je zadužena za operativne poslove i integraciju sustava banke tijekom spajanja bivše Nove i Dubrovačke banke, kao i za nadzor sektora poslovanja s građanima. Pridonijela je uspješnom spajanju banaka i integraciji sustava regionalnih centara banke, kao i dobrim rezultatima poslovanja banke u segmentima za koje je bila nadležna. Martinko je karijeru počela 1990. u Privrednoj banci, potom je prešla u Trgovačku banku gdje je radila kao direktorica Sektora deviznih poslova, a bila je i članica uprave te banke. U Zagrebačku banku dolazi 1997. na mjesto izvršne direktorice Sektora upravljanja poslovnom mrežom, a od 1999. do 2001. članica je Uprave Prve stambene štedionice. Prije prelaska u Novu banku, Martinko je dvije godine bila i direktorica Sektora upravljanja proizvodima za klijente poslovnog bankarstva Zagrebačke banke.