U jeku agresije na Hrvatsku, 1992. godine Vojno tužiteljstvo u Beogradu podiglo je optužnice protiv Branimira Glavaša, Tomislava Merčepa, Vladimira Šeksa i Ivana Vekića, za poticanje na genocid i oružanu pobunu, te protiv još 40 hrvatskih civila, uglavnom iz Borova naselja, da su na poticaj četvorice počinili ratne zločine, piše u petak Večernji list. Optužba bi se današnjim rječnikom haaškog prava, kaže Glavaš koji je optužnicu ustupio Večernjem listu, opisala kao udruživanje radi provođenja zločinačkog pothvata. Glavaš će 1. lipnja pred zagrebačkim istražnim sucem Zdenkom Posavcem dobiti priliku da progovori o svojoj ulozi u obrani Osijeka i Slavonije te o sumnjičenjima da je osobno i zapovjedno odgovoran za mučenje i ubojstva srpskih civila u Osijeku 1991., zbog čega je Državno odvjetništvo potkraj travnja zatražilo pokretanje kaznenog postupka protiv Glavaša.
Šeksa i Vekića se u beogradskoj optužnici tereti da su kao "poslanici u Saboru RH", a Glavaša i Merčepa da su kao sekretari za narodnu obranu u Osijeku i Vukovaru u ožujku 91. "govorili i zalagali se za uništenje srpske nacionalne grupe na prostorima Hrvatske, kao preduvjeta za stvaranje samostalne i nezavisne države Hrvatske". Za svu četvoricu ističe se i da su bili čelni ljudi HDZ-a za Slavoniju. Vojno tužiteljstvo bivše Jugoslavije optužuje ih za zastrašivanja, smjenjivanja, iseljavanje i fizičku likvidaciju Srba te ističe da su postupali "u potpunom skladu sa smjernicama najviših organa vlasti RH, a da bi ostvarili ciljeve ukazivali su na neophodnost nabave oružja i vojne opreme, stvaranja vojnih formacija i pokretanja oružanih akcija protiv jedinica Oružanih snaga SFRJ". Obrana Hrvatske od srpske agresije u beogradskoj je optužnici opisana kao agresija na Jugoslaviju, a Glavaš, Merčep, Šeks, Vekić i četrdesetorica optuženi su, među ostalim, za rušenje ustavnog poretka. Za četvoricu poznatih političara predloženo je suđenje u odsutnosti, dok je za ostalih 40 Hrvata s optužnice navedeno da se nalaze u pritvoru. Glavaš kaže da ga nikad nije zanimalo što se dogodilo s optužnicom i je li postupak pred Vojnim sudom u Beogradu ikad vođen i priveden kraju.