Kandidat za ministra obrane BiH Selmo Cikotić u vrijeme bošnjačko hrvatskog sukoba u Bugojnu bio je vojni zapovijednik Armije BiH za operativnu zonu zapad odakle je oko 20 tisuća Hrvata protjerano iz svojih domova u srpnju 1993. Iz udruge HVIDRA HVO Herceg-bosne Bugojno smatraju kako Cikotićeva kandidatura predstavlja nepravedan tretman prema Hrvatima Bugojna i BiH obzirom da je u vrijeme sukoba bio glavni operativac na tom području, te navodno jedan od krivaca za zarobljavanje hrvatskih vojnika i civila, objavio je Pincom.info.

U Bugojnu je u tom periodu bilo formirano 10 logora od kojih je onaj na stadionu NK Istra, od Međunarodnog Crvenog križa ocijenjen kao najgori logor u BiH čiji su uvjeti bili gori od onih na Manjači, tvrde iz HVIDRA HVO Herceg-bosne Bugojno.

Cikotić, kojeg je na dužnost ministra obrane BiH kandidirala SDA, smatra se moralno čistim iako je javno objavljen podatak da je u razdoblju dok je Cikotić bio vojni zapovjednik u Bugojnu na tom području ubijeno više od 300 Hrvata, nelegalno ih je bilo zatočeno nekoliko tisuća, a protjerano gotovo 20.000. Jedan od najstrašnijih zločina je nestanak, odnosno ubojstvo više od 20 hrvatskih intelektualaca u tom gradu te korištenje zarobljenika u borbama kao "živog štita" za što je Cikotić također javno prozivan.