Miroslav Šeparović, odvjetnik generala Mladena Markača, zatražio je od Haaškog suda dozvolu da uloži žalbu na odluku Raspravnog vijeća prema kojoj ga se isključuje iz procesa zbog sukoba interesa. U svom zahtjevu Šeparović navodi da su sudci donijeli pogrešnu odluku koja je suprotna važećoj sudskoj praksi i načelima pravičnog suđenja jer ostavlja optuženog bez obrane po vlastitu izboru dva mjeseca prije početka suđenja. Također je naveo da on smatra kako nije u sukobu interesa. O zaključku Vijeća da je on neophodan svjedok Šeparović navodi da bi dobar svjedok mogao biti bivši predsjednik splitskog vojnog suda Zoran Matulović, kojeg je Gotovinin branitelj Mišetić intervjuirao prije posljednjeg ročišta u Haagu. Kao druge moguće svjedoke o funkcioniranju sudova navodi i bivšeg predsjednika Vrhovnog suda, bivšeg državnog odvjetnika, zamjenika ministra pravosuđa i brojne druge pravosudne dužnosnike. Šeparović nadalje tvrdi da suci nisu pravno testirali tezu da je on neophodni svjedok prije nego su donijeli takav zaključak.

Tvrdnju da se iz osobnih razloga nalazi u sukobu interesa nazvao je neutemeljenom špekulacijom. "Treba jasno istaknuti da ta dilema nema utemeljenja u stvarnosti zato što nijedno ministarstvo temeljem Ustava i zakona nije bilo odgovorno za vojne ili bilo koje druge sudove". Odgovornost i kontrola bili su u rukama Vrhovnog suda, navodi Šeparović te objašnjava da ni ministar pravosuđa, a ni ministar obrane nisu imali pravne ili stvarne ovlasti da interveniraju i kontroliraju rad sudova u Hrvatskoj, vojnih ili civilnih.