Jose Manuel Barroso za vrijeme jednog susreta s tadašnjim hrvatskim premijerom Ivom Sanaderom (koji nema veze s ovim slučajem korupcije)U istrazi njemačke policije od početka 2010. godine o kojem izvještava portugalski list Publico, pojavljuje se ime sadašnjeg predsjednika Europske komisije Barrosa. Istražitelji su se bavili okolnostima nabavke dvije njemačke podmornice za ratnu mornaricu Portugala 2002. godine. Prema nalazima istražiteljima, taj posao se prije svega može zahvaliti tadašnjem počasnom konzulu Portugala, Jürgenu Adolffu koji je navodno organizirao susret predstavnika njemačke kompanije Ferrostaal s portugalskim premijerom. Susret je bio uspješan, a njemačka tvrtka je time dobila narudžbu vrijednu 880 milijuna eura. Adolff je za svoje usluge dobio pola milijuna eura. Barroso niječe da je vršio bilo kakav utjecaj u poslovima oko podmornica, ali je ipak priznao da se sastao s počasnim konzulom kojem je u međuvremenu Portugal oduzeo tu titulu.

Tko je sve u Portugalu dobio novac od njemačke tvrtke za nabavu podmornica? U policijskom izvješću o kojem je još proljetos izvještavao i njemački tjednik Der Spiegel, radi se o novcu kojeg je oprala jedna odvjetnička kuća i potom isplatila odgovornima u portugalskoj mornarici ili vladi. Taj tjednik piše i kako su brojni svjedoci potvrdili kako je Ferrostaalu mito nadležnima bio opća metoda kako bi ta tvrtka došla do posla. Član uprave Ferrostaal nalazi se u pritvoru, a optužuje ga se da je organizirao plaćanje mita i u drugim slučajevima. Portugalski list ističe i paradoks: "Europska komisija pod predsjedanjem Barrosa treba odlučiti, da li je potrebno provesti istragu bivše vlade Portugala na čijem je čelu bio današnji predsjednik Komisije."

Ovaj dnevnik iz Lisabona objašnjava da je 20.prosinca ove godine portugalska zastupnica u Europskom parlamentu Ana Gomes predala zahtjev za provedbu istrage koja se tiče Jose Manuela Barrosa, portugalskog premijera od 2002.do 2004.godine. Ova socijaldemokratska zastupnica smatra da pri kupnji dvije podmornica njemačke tvrtke German Submarine Consortium počinjeno čitav niz kaznenih djela, od korupcije, prijevare, kršenja pravila slobodne tržišne utakmice pa sve do nemarnog korištenja državnog novca. Gomes traži da Komisija proglasi ugovor nevažećim, makar klauzula u potpisanom ugovoru predviđa da će Portugal, u slučaju sudskog spora, odustati od sudskog progona protiv bilo koga.