General Slobodan PraljakHaaški optuženik Ivica Rajić dogovorio se s Tužiteljstvom Haaškoga suda za ratne zločine da prizna krivnju i da mi se smanji kazna bude li svjedočio u ostalim slučajevima protiv hrvatskih optuženika. Rajićeve optužbe, kao i navodi njegove odvjetnice Doris Košta, ponajprije su usmjereni protiv generala Slobodana Praljka, koji je prema Rajićevim riječima kao "viši dužnosnik HVO-a" zapovjedio jedinicama pod njegovim zapovjedništvom u Varešu da "nemaju milosti ni prema kome", nakon čega se dogodio pokolj nad Muslimanima u Stupnom Dolu.

Nakon povratka iz Haaga, Rajićeva odvjetnica Doris Košta bila je još određenija: izjavila je kako je istina da je njezin klijent Ivica Rajić organizirao ratne zločine na kiseljačkom području, ali u skladu s nalozima viših zapovjednika u HVO-u, generala Milivoja Petkovića, Slobodana Praljka i Tihomira Blaškića. "Pokajnički iskaz ne amnestira moga klijenta od kaznene i moralne odgovornosti, no za Rajićev pokolj u Stupnom Dolu naredba je stigla od Slobodana Praljka. Nije svejedno je li Rajić proveo zločinačku akciju samoinicijativno ili realizirajući službenu zapovijed", objasnila je Doris Košta.
Božidar Kovačić, odvjetnik generala Slobodana Praljka, takve je Rajićeve i Koštine tvrdnje otvoreno nazvao "razvidno prozirnom i glupom laži". Odvjetnik Kovačić, koji je kao i odvjetnica Nika Pinter, 1. studenoga 2005. prestao braniti generala Praljka jer Haaški sud ne želi plaćati troškove njegove obrane, ističe da je "Ivica Rajić po vlastitom priznanju Tribunalu počinio ratne zločine, pa i pored toga ima pravo i dužnost iznijeti tko je još sudjelovao u tome, ali nagodba s Tužiteljstvom ne daje pravo lagati".

Na čemu odvjetnik Kovačić zasniva svoje tvrdnje? On je 28. listopada 2005. napisao pismo u kojem ističe da tekstovi objavljeni posljednjih dana o toj temi "ne daju dovoljno jasnu sliku o bitnim činjenicama, kako u vezi s važnošću priznanja optuženog Ivice Rajića, tako i o spornim događajima u Varešu, odnosno navodnim kaznenim djelima što su ih ondje, navodno, počinile jedinice HVO-a pod zapovjedništvom optuženog Ivice Rajića". Odvjetnik Kovačić polazi od "Činjeničnih osnova", odnosno priznanja što ga je Rajić dao Međunarodnom kaznenom sudu za bivšu Jugoslaviju.
U točki 14. Rajićeva priznanja tvrdi se da je 21. listopada 1993. napustio Kiseljak s dvjestotinjak vojnika HVO-a, među kojima su bili i zapovjednici i vojnici postrojbi za specijalne namjene "Maturice" i "Apostoli" te vojnici HVO-a iz Kiseljaka i Kaknja. Te su snage prešle preko područja pod nadzorom bosanskih Srba i stigle u grad Vareš 22. listopada 1993.
Dana 23. listopada 1993. Ivica Rajić izvijestio je dopredsjednika Hrvatske zajednice Herceg-Bosne Darija Kordića, načelnika Glavnog stožera HVO-a, generala Milivoja Petkovića, zapovjednika ZP SB-a Vitez, pukovnika Tihomira Blaškića, i Marija Bradaru, zapovjednika brigade HVO-a Ban Josip Jelačić, da su "nakon učestalih napada snaga MOS-a (muslimanskih oružanih snaga, op.a.) na zonu odgovornosti brigade HVO-a Bobovac, te snage napravile proboj kroz Liješnicu i ovladale visovima Dragovičko brdo, Vis-Površje.

"Daljnji korak snaga MOS-a planiran je iz smjera muslimanskog sela Buodželja prema Stupnom Dolu, gdje su se nalazile jake snage MOS-a, čime bi u daljnjem djelovanju uspostavile crtu Stupni Do-Perun- Mijakovičko Poljice, čime bi svoje snage dovele u izuzetnu poziciju za odsijecanje snaga 1. bojne brigade Bobovac", izvještava Ivica Rajić spomenute osobe, među kojima nema generala Slobodana Praljka, koji mu je, navodno, dao zapovijed za napad na Stupni Do, u kojem je počinjen pokolj bošnjačkih civila.

Rajić navodi u istom dokumentu: "Izvršio sam procjenu i u jutarnjim satima izveo napadno djelovanje na Stupni Do i Bogoš. Objekt Bogoš je zaposjednut od naših snaga, a u selu Stupni Do ostalo je dvadesetak naoružanih MOS-ovaca i nešto civila u potpunom okruženju. Veliki broj MOS-ovaca i nešto civila je pobijeno, a naši gubici su 2 poginula i 7 ranjenih, svi izvan životne opasnosti." Pritom upada u oko da je on sam procijenio vojnu situaciju i donio odluku o napadu na Stupni Do nedaleko od Vareša, o čemu samo naknadno na znanje daje nadređenima, među kojima nema generala Praljka.
"Čudno je da Rajić, ako mu je Praljak izdao naredbu o napadu na Stupni Do, o rezultatima ne izvještava onoga tko mu je zapovijed izdao", ističe odvjetnik Kovačić. Rajić u istom izvještaju tvrdi: "Grad Vareš je očišćen, svi vojno sposobni muslimani stavljeni su pod prismotru. Zbog pokušaja opstrukcije planiranih aktivnosti stavio sam u izolaciju gospodu Antu Pejčinovića, Zvonka Dužnovića i Ivicu Gavrana. Zapovjednik brigade Bobovac (Emil Harah, op.a.) u teškom je depresivnom stanju i nije sposoban obnašati dužnost... Vareš je od danas hrvatski, borit ćemo se da ostane - morate mi pomoći", zaključuje na kraju "Informacije o borbenim djelovanjima u Varešu" zapovjednik Rajić.
Iz te se "Informacije" zaključuje da nešto među Hrvatima nije u redu, da se ključni ljudi kao Ante Pejčinović, predsjednik HVO-a Vareš, ili Ivica Gavran, zapovjednik policije, nečemu ili nekomu suprotstavljaju, te da zbog stanja sukoba među Hrvatima u Varešu, Rajić uspostavlja posebne mjere i zatvara hrvatske čelnike.

Istog dana, 23. listopada 1993., u 6.40 sati izvješćuje Krešu Božića, novoimenovanog zapovjednika brigade Bobovac, da je odobrio napad na Stupni Do: "Odobravam Vaš prijedlog za izvođenje akcije na području brda Bogoš i sela Stupni Do". Bila je to pisana zapovijed Ivice Rajića, zapovjednika OG-2, u vrijeme kada je napad na Stupni Do već počeo. U tom odobrenju Rajić zapovijeda da se uključi pojačanje iz Kiseljaka, neutraliziraju vojni ciljevi minobacačima, ali i sve na području Bogoša i Stupnog Dola što može ugroziti "postrojbe i pučanstvo na području Vareš Majdana", uz poruku: "Ja ću vidjeti sa XY da mi omogući da u toku dana dođem na vaše područje. Čuvajte se. Pametno". Taj XY koji Rajiću može omogućiti dolazak na područje brigade Bobovac jesu lokalne srpske postrojbe i njihovi zapovjednici.

Od presudne je važnosti da je spomenuta Rajićeva "Informacija o borbenim djelovanjima u Varešu" u Glavnom stožeru HVO-a u Čitluku zaprimljena 23. listopada kasno navečer, najmanje 16 i pol sati nakon što je Rajić zapovjedio napad na Stupni Do. "Na tom istom dokumentu kojeg je Rajić uputio na znanje Kordiću, Petkoviću, Blaškiću i Bradari, zapovjednik Glavnog Stožera HVO-, general bojnik Slobodan Praljak, rukom je dopisao uputu koju treba poslati generalu Petkoviću, zamjeniku zapovjednika GS HVO-a", ističe odvjetnik Kovačić.
U originalnom dokumentu piše: "Petkoviću, - Srediti situaciju u Varešu bez milosti prema bilo kome", - Pronaći ljude koji su dorasli i vremenu i zadacima". Dakle, "nije točno da je to bila naredba koju je general Praljak izdao Ivici Rajiću niti se ta uputa uopće odnosila na napad na Stupni Do niti na "čišćenje" Vareša od Muslimana, kako tvrdi Rajić u točki 16. svojega priznanja pred Tribunalom", objašnjava odvjetnik Božidar Kovačić.

Praljkov naputak generalu Petkoviću a ne Rajiću značio je sređivanje situacije u Varešu među Hrvatima, unutar HVO-a. Naime, general Praljak znao je da je zapovjednik brigade u teškoj depresiji, da je toga dana Rajić pritvorio Pejčinovića, Dužnovića i Gavrana, da je na tom području šverc i naplaćivanje prolaza konvojima prema Tuzli uzelo maha, pa je i "uputa kako srediti situaciju u Varešu više nego logična", smatra odvjetnik Kovačić.
Dežurni časnik u Glavnom stožeru u Čitluku poslao je 23. listopada 1993. u 23 sata Petkoviću, Bradari, Rajiću, Kordiću i Blaškiću službeni naputak o tome kako riješiti situaciju u Varešu. Dokaz je i žig s točnim vremenom na dokumentu Glavnog stožera OS HR HB s urudžbenim brojem. "To ni u kojem slučaju nije mogla biti naredba za napad na Stupni Do, koji je započeo toga dana rano ujutro, u 6.40 sati. Rajić u svojoj obrani iznosi eklatantne ali prozirne neisitine koje lako možemo demantirati", ističe odvjetnik Božidar Kovačić.
General Praljak očigledno je želio unutar HVO-a pronaći ljude koji su "dorasli vremenu i zadacima". Prvi dio naputka da se rješenja u Varešu provedu "bez milosti", očigledno se odnosi na Hrvate, odnosno na pripadnike HVO-a, a ne na Muslimane, odnosno na tada suprotstavljene neprijateljske snage.

No sljedećeg dana, 24. listopada 1993., Ivica Rajić izvješćuje načelnika PU Travnika, Mladena Tolu, da je stavio u izolaciju Ivicu Gavrana i Zvonka Dužnovića, sve prema ovlasti što ih je dobio od zapovjednika GS HVO-a Slobodana Praljka. "Slobodan Praljak nije dao Ivici Rajiću nikakve ovlasti. General Praljak dao je upute generalu Petkoviću, a očito mu nije mogao dati ovlasti u 23 sata 23. listopada 1993. za ono što je Rajić već učinio dan prije, 22. listopada, kada je zatvorio spomenutu trojicu hrvatskih dužnosnika, o čemu je izvijestio Kordića, Petkovića, Blaškića i Bradaru, ali ne i Glavni stožer i generala Praljka", izrijekom tvrdi odvjetnik Kovačić.
O događajima koji su se zbili u Stupnom Dolu i stradavanju 37 civila bošnjačke nacionalnosti, general Praljak doznao je danima kasnije. Upravo u to vrijeme bio je na odlasku s dužnosti zapovjednika GS HVO-a.