Ruanda je optužila Francusku da je aktivno sudjelovala u genocidu 1994. godine u kojem pobijeno više od 800 tisuća ljudi. Francusku se tereti da njihove trupe koje su nadzirale sukobe nisu učinile ništa kako bi spriječile krvave masakre koji su se dogodili na ulicama Ruande. Čak štoviše, kako stoji u izvješću Nezavisne komisije, francuska je vojska aktivno sudjelovala u vojnom obučavanju Hutua, koji se također terete za zločine. Kako prenose agencije, francuski vojnici su optuženi za izravnu odgovornost u ubojstva civila, a po zapovijednoj odgovornosti Komisija tereti 33 osobe, među kojima su i bivši francuski predsjednik Francois Mitterrand te premijer Edouard Balladur.

Za sada se iz Francuske nisu službeno oglasili, već je samo najavljeno kako će na optužbe odgovoriti nakon što se detaljno prouči izvješće iz Ruande. Posljednjih dvije godine, pitanje genocida u Ruandi revitalizirano je istragom koje su pokrenule francuske vlasti, kako bi se prokazali odgovorni za zrakoplovnu nesreću u kojoj je 1994. poginuo tadašnji predsjednik Juvenal Habyariman, što je na kraju pokrenulo genocid. Francuska je naime, krajem 2006. godine, izdala naloge za uhićenje devet visokih ruandskih dužnosnika, mahom pripadnika etničke grupe Hutu, nakon čega je Ruanda povukla svog veleposlanika iz Pariza. Predsjednik Ruande, Paul Kagame, koji nije optužen zbog imuniteta, tvrdio je kako Francuska ovakvim i sličnim pravosudnim procesima nastoji oprati ruke od vlastite odgovornosti, koja je u slučaju smrti nekoliko stotina tisuća, mahom Tutsija, neminovno sudjelovala. Do dodatnog zahlađivanja odnosa došlo je nakon što su iz Ruande najavili kako će otvoriti istragu zbog odgovornosti Francuza u genocidu.

UN je 2000. godine javnosti otkrio interni memorandum prema kojemu su Kagame i njegovi Tutsi borce odgovorni za rušenje predsjedničkog zrakoplova. Michael Hourigan, koji je vodio UN-ov tim za istragu okolnosti rušenja predsjedničkog zrakoplova, rekao novinarima kako je 1997. našao dokaze koji su uplitali Kagamea, ali je istraga prekinuta s vrha nakon što su o tome izviješteni nadređeni. Takva odluka donesena je jer bi u jeku genocida, vijest da je Kagame odgovoran za čin koji je potaknuo najveći genocid svog vremena vjerojatno bacila Ruandu u novi građanski rat, čiji posljedice nitko nije mogao predvidjeti.