Iako je Angela Merkel najavila poboljšanje odnosa sa Sjedinjenim Američkim Državama koji su bili pogoršani za vrijeme njenog prethodnika Gerharda Schroedera razgovori s američkom državnom tajnicom Condoleezzom Rice u Berlinu prošli su u sjeni pitanja o tajnim letovima američke obavještajne službe CIA-e. Europska javnost i političari uzbunili su se nakon otkrića da je CIA proteklih godina, ne obavještavajući o tome savezničke vlade, više stotina puta koristila zračni prostor i zračne luke u Britaniji i Njemačkoj prevozeći osumnjičenike za terorizam. Condoleezza Rice je u Berlinu izbjegla odgovoriti i na pitanje postoje li ili su postojali takvi posebni zatvori kojima se u Europi služila CIA. Rekla je, međutim, da »ne možemo razgovarati o informacijama koje bi ugrozile uspjeh obavještajnih, policijskih i vojnih operacija«, te da su »neke vlade odabrale suradnju sa SAD-om u obavještajnim, policijskim i vojnim pitanjima«. Izručenja onemogućavaju djelovanje terorista, kaže državna tajnica, i spašavaju živote. Njemačka javnost posebno je osjetljiva na slučaj njemačkoga državljanina libanonskog porijekla Khaleda al-Masrija kojeg je SAD oteu 2003.   godine u Makedoniji nakon čega je transportiran u zatvor u Afganistan. Angela Merkel izjavila je o ovom slučaju nakon razgovora «da je američka vlada svjesna da je počinila pogrešku» što je državna tajnica prilično mirno prihvatila stojeći kraj nje.